根据分离机制的不同，高效液相色谱仪原理可分为液固吸附色谱法、液液分配色谱法（正相与反相）、离子交换色谱法。
1. 液固吸附色谱法
液固吸附色谱法中，固定相为固体吸附剂，根据各组分吸附能力差异而使组分得以分离。常用的吸附剂为硅胶或氧化铝，大多数用于非离子型化合物。吸附色谱固定相可以分为极性和非极性两大类。对流动相的要求为：
1) 选用的溶剂应当与固定相互不相溶，并能保持色谱柱的稳定性。
2) 选用的溶剂应有高纯度，以防所含微量杂质在柱中积累，引起柱性能的改变。
3) 选用的溶剂性能应与所使用的检测器相匹配，如果使用紫外吸收检测器，就不能选用在检测波长下有紫外吸收的溶剂；若使用示差折光检测器，就不能用梯度洗脱。
4) 选用的溶剂应对样品有足够的溶解能力，以提高测定的灵敏度。
5) 选用的溶剂应具有低的黏度和适当低的沸点。
6) 应尽量避免使用具有显著毒性的溶剂，以保证工作人员的安全。
液固色谱法是以表面吸附性能力为依据的，所以它常用于分离极性不同的化合物，也能分离那些具有相同极性基团，但数量不同的样品。
2. 液液分配色谱法
固定相为液体，根据被分离的组分在流动相和固定相中的溶解度不同而分离。依固定相和流动相的极性不同可分为正相色谱法和反相色谱法。正相色谱法采用极性固定相，流动相为相对非极性的疏水性溶剂，常用于分离中等极性和极性较强的化合物；反相色谱法一般用非极性固定相，流动相为水或缓冲溶液，适用于分离非极性和极性较弱的化合物。其中，反相色谱应用*。
3. 离子交换色谱法
固定相是离子交换树脂。树脂上可电离离子与流动相中具有相同电荷的离子及被测组分的离子进行交换，根据各离子与离子交换基团具有不同的电荷吸引力而分离。
